В связи с распространением в мире новой линии коронавируса «Омикрон», в Группе компаний Алкор Био (разработка и производство тест-систем и оборудования для лабораторной диагностики, г. Санкт-Петербург) оперативно был проведен анализ влияния мутаций, характерных для этого штамма, на выявление РНК вируса SARS-CoV-2 с использованием набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2» производства ГК Алкор Био. Этот тест был разработан и выпущен на рынок в 2020 году.

Руководитель лаборатории ПЦР ГК Алкор Био Анастасия Лисок:

 «Мы использовали открытые данные по нуклеотидной последовательности генома нового штамма коронавируса, и методами компьютерного анализа in silico сравнили их с нуклеотидными последовательностями участков-мишеней для определения коронавируса, используемых в нашем наборе. Анализ показал, что мутации нового штамма не затрагивают эти мишени».

Напомним, что ГК Алкор Био в своем ПЦР тесте на SARS-CoV-2, как и многие производители, использует в качестве мишеней регионы ORF1ab и N субгеномной РНК вируса. Но вирус мутирует, этому способствует его высокая контагиозность и быстрое распространение. Есть риск, что изменчивость приведет к потере чувствительности тест-систем, существующих на рынке сегодня. Поэтому, изучив геномные базы данных, разработчики ГК Алкор Био добавили третью мишень - ORF8. Этот регион – отличительная особенность вируса SARS-CoV-2, и у других представителей семейства Коронавирусов он либо отсутствует, либо сильно изменен. Таким образом, набор реагентов «Интифика SARS-CoV-2» производства ГК Алкор Био можно применять не только в качестве основного для выявления вируса SARS-CoV-2, но и в качестве подтверждающего, если, скажем, у лаборанта, работающего на других тест-системах, возникают сомнения в достоверности того или иного результата.

Ранее на предприятии был проведен анализ in vitro для оценки штаммов, распространенных на территории Российской Федерации, и такой анализ показал, что мутации в данных штаммах не затрагивают районы, детектируемые с помощью набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2». Проверка коснулась следующих штаммов:

• Британского (VOC Alpha 202012/01 GRY (B.1.1.7));
• Бразильского (VOC Gamma GR/501Y.V3 (P.1));
• Индийского (VOC Delta G/478K.V1 (B.1.617.2));
• Московского (B.1.1.523);
• Нигерийского (VOI Eta GR/484K.V3 (B.1.525));
• Северо-Западного (АТ.1).

Дополнительно был проведен анализ in silico для оценки штаммов вируса SARS-CoV-2, которые имеют широкое распространение в других странах и могут быть завезены на территорию Российской Федерации:

• Южно-Африканского (VOC Beta GH/501Y.V3 (P.1));
• Калифорнийского (VOI Epsilon GH/452R.V1 (B.1.429+B.1.427/CAL.20C));
• Бразильского (VOI Zeta GR/484K.V2 (P.2));
• Филиппинского (VOI Theta GR/1092K.V1 (P.3));
• Американского (VOI Iota GH/253G.V1 (B.1.526));
• Индийского (VOI Kappa G/452R.V3 (B.1.617.1));
• Перуанского (VOI Lambda GR/452Q.V1 (C.37)).